Pour savoir si sa réalité est une construction physique ou mentale, M. Anderson, alias Neo, devra choisir de suivre une fois de plus le lapin blanc. S'il a appris quelque chose, c'est que ce choix, bien qu'illusion, reste le seul moyen de sortir de la Matrice ou d'y entrer. Neo sait déjà ce qu'il doit faire, mais ce qu'il ne sait pas encore, c'est que la Matrice est plus forte, plus sûre et bien plus dangereuse que jamais.