Alors que Neo est coincé dans une gare entre deux mondes, les Machines s'apprêtent à attaquer Zion. Morpheus, Trinity et Seraph attaquent le repaire du Mérovingien pour le rejoindre. L'Oracle avertit Neo qu'il doit se méfier de l'agent Smith, son contraire, car la bataille finale entre les hommes et les Machines est proche. Les citoyens de Zion préparent activement la défense de la cité.