La série se divise en deux volets : les premiers épisodes tournent autour du passé et de l'origine d'Ahsoka Tano, ils sont destinés à introduire le personnage dans la série The Clone Wars. Le deuxième arc suit le comte Dooku alors qu'il s'éloigne lentement du chemin des Jedi et finit par succomber au côté obscur de la Force. La relation avec son Padawan Qui-Gon Jinn est également explorée.