Les hommes sauvés de la Matrice sont réfugiés dans la cité souterraine de Zion, que des machines de destruction tentent d'atteindre. Morpheus et Neo attendent un signe de l'Oracle pour continuer leur combat. Lorsque, enfin, il se manifeste, Neo comprend qu'une erreur de programmation de la Matrice a engendré l'Oracle. Il se met ensuite en route pour sa nouvelle mission : retrouver le Maître des clés, qui est prisonnier du Mérovingien.